CA72-4常用于胃癌、卵巢癌等的辅助诊断，是最容易被非肿瘤因素干扰的指标之一。它能反映胃肠道上皮细胞的抗原表达，但并非肿瘤专属。胃肠黏膜炎症、幽门螺杆菌感染，以及某些药物补品(如秋水仙碱、灵芝孢子)都能使其假性升高。
CA19-9是诊断胰腺癌、结直肠癌、胃癌较为可靠的指标，但在胆道梗阻(结石、炎症)时常显著升高，甚至可达到很高数值，因此胆道疾病是最常见的良性原因。
CEA是结直肠癌常用标志物，但它的假阳性来源极其丰富。单凭CEA判断肿瘤敏感性和特异性都有限。吸烟是最常见的混杂因素之一。
PSA前列腺特异性抗原是前列腺癌最重要的标志，具有器官特异性，在临床上得到广泛的应用。但PSA几乎与所有前列腺疾病相关。
AFP在肝细胞损伤与再生时升高(例如活动性肝炎、肝硬化再生结节)，因此AFP升高既可能是肝癌信号，也可能反映非肿瘤性肝组织损伤或妊娠等生理状态。
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