“我在水中已经大约十个小时了……面对这样的逆境，人会感到多么无助，现在要救我们，需要一个奇迹。奇迹如期而至，一大群中国渔船队进入了我们的视野。”——詹姆斯·米勒（盟军战俘）。
1941年12月，1816名盟军战俘被关进日军武装运输船“里斯本丸”号船舱，从中国香港前往日本。由于日军违反《日内瓦公约》，未在船上悬挂任何运送战俘的旗帜或标志，“里斯本丸”号在海上平稳行驶三天后，在中国舟山东极岛海域被美军潜艇发射的鱼雷击中。
“里斯本丸”号被鱼雷击中后逐渐下沉，船上的盟军战俘危在旦夕，而此时日军却选择用木板将船舱出口钉死，且对试图逃出船舱和跳海的盟军战俘开枪，企图把所有战俘埋葬在这片海域。就在这个危急关头，附近岛上的255名舟山渔民冒着枪林弹雨，一次次划船冲进大海，最终救下了384名盟军战俘。
这段惨痛的二战历史，原本已随着“里斯本丸”号沉入大海。方励一开始也没打算把它拍成电影，但在2017年听说当年参与救援“里斯本丸”号的舟山渔民，只剩下一个叫林阿根的老人的时候，他本能地意识到这段历史快没了，需要“抢救”出来。
为了竭尽所能地采访到当年从“里斯本丸”号上逃出的英军幸存者、遇难者的家属以及日军和美军的相关人士，呈现出完整的历史真相，2018年、2019年两年间，方励带着摄制组频频出境，先后完成了对120多位亲历者及其后代的采访。
为了找到更多亲历者及其后代，方励更是花了200多万元在英国报纸上打广告。
采访到最后一个家庭时，素材其实已经足够了，但为了完成一位老人的心愿，方励带着摄制组又飞了一趟美国。2019年秋天，方励又自费60多万元，邀请遇难战俘的直系后代前往浙江东极岛，参加“同父亲告别”的悼念仪式。
电影拍摄途中，资金链一度断裂，面临无人投资的困境。方励是通过变卖个人房产，来支持电影继续，“我现在租房住。”
而从决定拍摄这部电影开始，方励就没打算通过这部电影赚钱，“这一投资不仅是为了制作电影，更是为了抢救和分享一段重要历史，让世界听到（这个）人文故事”，其意义远超投资本身。
几经磨难，方励终于成功把“里斯本丸”号的沉船真相摆在了世人面前，并于片头勇敢宣告“本故事完全基于事实”。
虽然一开始没什么人在意这部名字颇拗口的纪录片，上映首日票房仅仅只有36.7万，但看过的大部分人都被震撼到了。越来越多人开始口口相传推荐这部电影。《里斯本丸沉没》豆瓣评分更是从9.2分逆涨至9.3分，成为今年迄今为止最高分国产片。