6月4日晚，日本大阪世博会的主办方宣布，因为在会场南部的水之广场检测出高浓度的军团菌，所以暂停水上喷泉表演。根据检测结果，主办方6月7日再决定是否恢复。
军团菌是一种可导致肺炎等严重感染的细菌，在自然界广泛存在，可通过水雾传播，在日本各地旅馆、温泉曾多次引发集体感染事故。更值得注意的是，这次出问题的“水之广场”，正是此前引发“摇蚊大本营”争议的区域。
日本《朝日新闻》报道说，5月29日，大阪市保健所已经检测到了军团菌。直到6月4日，主办方因“超标20倍”才叫停表演。外界质疑主办方应对迟缓，信息不透明。对此，主办方解释说，大阪市保健所最初进行的是简易检测。6月2日，工作人员才做了更为精密的检测。